Zgodnie z rozporządzeniem MEN szkoły muszą przetwarzać dane osobowe pracowników, uczniów oraz ich rodziców. Na mocy jednego z zapisów ustawy nie muszą ich rejestrować w GIODO. Wypada jednak zaznaczyć, że oprócz podstawowych danych określonych przez MEN, często wchodzą one w posiadanie innych np. adresów e-mail czy numerów telefonów. Na ich gromadzenie muszą uzyskać wyraźną zgodę ich właścicieli i poinformować ich o celach, do których są one pozyskiwane.
Większość dostępnych na rynku dzienników elektronicznych do szkół wymaga podania danych osobowych: adresu e-mail (jest on m.in. potrzebny do rejestracji czy odzyskiwania hasła) lub numeru telefonu (staje się niezbędny np. do wysyłania powiadomień SMS-em). Dlatego też niezmiernie ważne jest, aby ich administrator, czyli szkoła, uzyskał zgodę rodziców do ich użycia w dzienniku oraz zawarł z dostawcą aplikacji umowę o powierzeniu danych, w której zobowiąże się on do ich właściwej ochrony. Dopełnienie powyższych formalności leży po stronie dyrektora szkoły, jednak mnóstwo firm oferujących tego typu oprogramowanie wychodzi naprzeciw ich potrzebom i udostępnia gotowe wzory dokumentów. Dość często dołączają je do umowy świadczenia usług i to rozwiązuje problem i pozwala dopełnić wszystkich kwestii za jednym razem.